La domestication des plantes, des animaux et des micro-organismes a permis le développement de l’agriculture, de l’élevage, de la transformation de leurs produits et a accompagné l’évolution des civilisations.

Les espèces concernées par la domestication, les régions du monde où elle s’est déroulée, les indices permettant d’identifier l’ancêtre sauvage, les propriétés particulières, morphologiques ou physiologiques qui caractérisent les animaux domestiques, les gènes qui ont été modifiés, les échanges génétiques que les organismes domestiqués ont entretenu avec leur ancêtre sauvage, les conséquences de la structuration en races animales ou en variétés végétales des espèces qui en sont issues, sont autant de questions qui suscitent des travaux dans les domaines de l’archéologie, la sociologie, l’écologie, et la génétique. La génomique apporte un éclairage nouveau et puissant pour lire l’histoire d’une espèce dans son génome.

Les espèces domestiquées pour l’élevage et la fourniture de services (aliment, travail, transport) ne sont pas réparties aléatoirement dans la phylogénie. Les mammifères domestiqués dits "de rente" ne sont issus que d’une petite fraction de la diversité phylogénétique et phénotypique des mammifères, avec une surreprésentation de l’ordre des Artiodactyla (bovins, caprins, ovins ; Suidae : porcins, etc.), et quelques espèces issues des ordres de Rodentia (cochon d’Inde), Lagomorpha (lapin) et Perissodactyla (cheval, âne). Chez les oiseaux, les espèces domestiquées pour la production sont principalement issues de l’ordre des Galliformes (poulet, caille, pintade..) et de celui des Ansériformes (oie, canard).