Multi-omics analyses of DNA methylation and gene expression to elucidate mechanisms of heat stress resistance in laying chickens
UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GiBBS
Contacts : Tatiana Zerjal, Florence Jaffrezic, Marie Courbariaux
- Objectifs : This study proposes to investigate liver and blood heat stress-induced DNA methylation changes that may influence regulatory regions leading to modification of gene expression. Four chicken experimental lines were chosen because they represent a unique range of genetic variation for characters known to have an important role in heat tolerance and feed efficiency. The aim of this project is, on one hand, to quantify the impact of heat on the methylation pattern in different genetic backgrounds, allowing us to test for genetics by environment (GxE) interactions. On the other hand, it will allow us to correlate methylation profiles with transcriptomic profiles obtained on the same samples, by applying a variety of integrative approaches. This study is part of the European project “GEroNIMO” (https://www.geronimo-h2020.eu/) and of the ANR project "ChickStress" (https://anr.fr/Projet-ANR-13-ADAP-0014).
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Comparing genomic evaluation approaches for crossbred animals in dairy cattle.
UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GBOS
Contacts : Pascal Croiseau, Audrey Martin
- Objectifs : The aim of this internship is to compare these three approaches for genomic evaluation of crossbred animals. The student will implement the models using a dedicated software developed by the team, and evaluate their predictive ability using real dairy cattle datasets.
In addition, a simulation study will be carried out to determine the number of crossbred animals required to significantly improve the evaluations. This study will provide opera-tional guidelines on when to transition from applying purebred marker effects (option 1) to crossbred-inclusive evaluation models (options 2 and 3). - Consulter l'offre : version anglaise, (pdf)
Association of gametic variability and individual-level genetic corrélations
UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GBOS
Contacts : Beatriz Cuyabano, Pascal Croiseau
Objectifs :
- Use existing genomic information to evaluate gametic variability in dairy cattle,
- Study associations between gametic variability and genetic correlations between traits, measured at the individual level, and quantify these associations.
- Du ring the internship, the student wil I develop scripts in Unix/Linux and R, and use standard quantitative genetics tools (e.g. BLUPF90).
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Evaluating different selection strategies at a dairy herd-level productivity, sustainability and methane emission
UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GBOS
Contacts : Beatriz Cuyabano
Objectifs :
- Simulate data for production, fertility, health, and methane emission traits in dairy cattle,
- Perform different selection scenarios and simulate many generations of offspring under these different selection scenarios,
- Evaluate the longitudinal outcomes with respect to the simulated traits, on the herd level.
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Genetic influence over microbiota composition and resistance to coccidiosis in laying hens
UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GeMS
Contacts : Fanny Calenge, Marie-Hélène Pinard-van der Laan
- Objectifs : The recruited student will use the raw sequencing data to assess the taxonomic composition of the caecal content. She/He will compare the four animal groups for their microbiota composition in order to assess: the impact of the infection on the caecal microbiota composition (comparing infected/noninfected birds), and the effect of the genetic line on the microbiota composition (comparing Fayoumi/ PA12 birds). He/she will assess differences in alpha and beta diversity between groups, and identify differentially abundant taxons. The functional potential of the differentially abundant taxons will be assessed, which will help us answering our main question: is the difference in resistance to infection mediated by the microbiota? In the medium to long term, the answer to this question will help us designing innovative strategies based on genetic selection or microbiota modulation to improve resistance to Eimeria tenella in poultry flocks.
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Single-cell characterization of host-virus interactions using porcine edited organoids
UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GeMS
Contacts : Elisabetta Giuffra, Giorgia Egidy
- Objectifs : The aim of your project will be to characterize the molecular mechanisms of host response at the single-cell level, using data from our single-cell study in progress. You will learn to carry out, analyse and interpret a single-cell RNA-seq experiment at the finest biological level. You will get accustomed to the advantages and limitations of stem cells and organoids for the study of host-pathogen interactions, and with the advanced genome editing tools in use. As a member of our research team you will benefit of the mentorship from experienced researchers in bioinformatics, animal cell biology, genomics, access to state-of-the-art resources and of a supportive and collaborative, internationally embedded environment.
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Etude épidémiologique et moléculaire du Cryspovirus (CSPV-1) dans les espèces de cryptosporidium qui circulent dans les élevages en Afrique du Nord
Equipe PARALIM, UMR BIPAR – ENVA/ANSES/INRAE, 14 rue Pierre et Marie Curie, 94700 Maisons-Alfort
Contact : Pr Karim Adjou
- Objectifs : Une étude menée récemment par notre équipe a permis de démontrer pour la première fois la présence du Cryspovirus dans les cryptosporidies circulant chez les bovins, caprins et ovins dans de nombreux départements français. Nos résultats ont ainsi montré la présence de ce cryspovirus avec une fréquence de 88,88 % chez les bovins, 83,33% chez les ovins et 75 % chez les caprins (9). Des génomes complets de virus ont été obtenus à partir de génotypes différents de C. parvum. Le sujet présenté pour l’étudiant(e) de Master 2 sera de continuer cette étude avec les objectifs suivants :
i) Isoler et identifier sur le plan moléculaire les cryptosporidies puis les cryspovirus à partir de cryptosporidies provenant de ruminants infectés en Afrique du Nord ;
ii) Séquençer les Cryspovirus afin de déterminer si le virus peut être utilisé comme traceur pour le suivi épidémiologique de la maladie dans les élevages ;
iii) Déterminer par des techniques variées si le Cryspovirus est excrété lors de l’infection à Cryptosporidum, puis tester s’il peut infecter les cellules de vertébrés en présence ou non de Cryptosporidium. - Consulter l'offre : version française (pdf)
Développement d’une méthode de sérotypage basée sur l’analyse génomique pour la bactérie pathogène des salmonidés Flavobacterium psychrophilum
UMR 0892 VIM - Virologie et Immunologie Moléculaires
Contact : Eric Duchaud
- Objectifs : L’étudiant sera co-encadré par un biologiste (Inrae) et une équipe de bioinformaticiens dans le cadre d’une collaboration Inrae / Mnhn / SU qui vise à partir d’un ensemble de génomes :
- Définir les différentes structures génomiques du locus codant pour la biosynthèse de l’Ag-O.
- Prédire les voies métaboliques de sa biosynthèse.
- Développer un pipeline d’analyse et de prédiction basé sur les organisations génomiques observées - Consulter l'offre : version française (pdf)
Neuroepigenetic programming in relation to the maternal environment by high-throughput analysis of the methylation and hydroxymethylation DNA profiles at birth and weaning
UMR 1198 BREED, Biologie de la Reproduction, Environnement, Epigénétique et Développement, équipe PROGENIE : PROgrammation Gestationnelle par l’ENvIronnEment
Contact : Karine Badonnel, Christine Baly
Objectifs :
- Depending on the project's progress, the student will produce RRBS and ox-RRBS libraries to send to sequencing and/or he/she will analyze data resulting from the sequencing of RRBS and ox-RRBS libraries to identify differentially methylated and/or hydroxymethylated DNA positions or regions at both ages associated with odor and/or sugar supplementation.
- Performing differential methylation analysis to analyze the evolution of the methylation/hydroxymethylation landscapes between birth and weaning, to characterize the effects of maternal enrichment on genome plasticity.
- Performing integration analyses with transcriptomic data to detect transcripts whose level is the most correlated with methylation patterns.
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Identification et caractérisation des signatures moléculaires du mélanome équin à partir d’analyses de données RNA-seq long reads
UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GeMS
Contact : Sophie Pollet, Florence Jaffrézic
Objectifs : Le mélanome équin est une tumeur fréquente chez les chevaux à robe grise, dont la progression et la transformation maligne restent encore mal comprises. Le projet MélanomEquin explore cette pathologie grâce à des approches multi-omiques innovantes, avec pour objectif de découvrir des biomarqueurs moléculaires et des signatures transcriptomiques inédites.
Ce stage permettra d’approfondir le processus d’analyse de données RNA-Seq (séquençage long reads, Oxford Nanopore Technologies), en appliquant des méthodes d’analyse statistique de pointe (analyses différentielles, inférence de réseaux, etc.) pour révéler les mécanismes moléculaires sous-jacents.
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Détection et quantification de la doxycycline dans le plasma équin en LC-MS
Laboratoire des Courses Hippiques (LCH)
Contact : Patrice Garcia
Le sujet fait partie intégrante d’une étude PK/PD menée en 2024-2025 sur un antibiotique, la doxycycline. Après avoir développé et validé une méthode pour la quantification de cette molécule dans l’urine et obtenu des cinétiques d’élimination de ce composé pour les 6 chevaux participant au projet, un travail identique doit être mené dans le plasma dans un but de comparaison avant d’en extraire des paramètres pharmacologiques. Le projet du stage consistera donc en un développement de méthode (préparation d’échantillon et méthode d’analyse LC-MS/MS) dans le but de quantifier la doxycycline dans le plasma équin sur un spectromètre de masse triple quadripôle couplé à de la chromatographie liquide.
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Détection d’oligonucléotides dans le plasma équin par LC-HRMS
Laboratoire des Courses Hippiques (LCH)
Contact : Patrice Garcia
Le sujet du stage est en lien avec un projet plus global d’une étudiante en thèse qui développe des méthodes de détection du dopage génétique chez le cheval en faisant appel à la fois à des techniques de biologie moléculaire et de chimie analytique. Le stage proposé vise à mettre au point une ou des méthodes LC-HRMS pour détecter des oligonucléotides exogènes d’une vingtaine de bases environ. Des premiers développements réalisés en 2025 ont permis de mettre au point une méthode de préparation et de détection d’un type d’oligonucléotides modifiés (phosphorothiate) en couplage IP-RPLC-HRMS avec des technologies TOF et Orbitrap. Le projet du stage consistera ici à repartir de la méthode précédemment développée pour en améliorer les étapes de préparation et d’analyse tout en élargissant la détection à d’autres types de modifications chimiques des oligonucléotides (méthylphosphonate, phosphoramidate, 2’-OME, 2’-O-MOE, etc…).
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