Offre de stage pour étudiant-e en master 1-2 et ingénieurs - Campagne 2027

Etude de la diversité génétique et caractérisation de Races Bovines Laitières à Petits Effectifs

UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GiBBS

Responsable à contacter : Gwendal Restoux (e-mail)

• Résumé : L’objectif principal du stage sera d’étudier la diversité génétique des races Lourdaise, Armoricaine, Maraichine, Ferrandaise, Froment du Léon, Nantaise, Mirandaise, Saosnoise et
  Casta. Pour cela, nous disposerons d’environ 400 génotypes (50K SNP) et de pedigrees. Les analyses consisteront à i) décrire le niveau de diversité de ces races et sa structuration dans une optique de conservation, ii) décrire les relations entre ces différentes races et iii) mener une première analyse de génomique du paysage afin d’évaluer leur niveau d’adaptation et leur potentiel d’évolution, notamment face au changement climatique.
• Télécharger l'offre de stage : 

Analyse de la variabilité du nombre de copies de la mitochondrie chez les bovins

UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GBOS

Responsable à contacter : Dominique Rocha (e-mail)

• Résumé : L'objectif principal du stage est l'analyse de la variabilité du nombre de copies de mitochondries chez différentes races bovines et d'étudier le lien possible avec des caractères d'intérêt agronomique. Pour cela, un outil bioinformatique sera développé.
• Télécharger l'offre de stage : 

 Génétique d’un nouveau phénotype de persistance de la lactation

UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GBOS

Responsable à contacter : Jocelyne Flament (e-mail) ; Rachel Lefebvre (e-mail)

• Résumé : Ce stage vise à caractériser la variabilité génétique de la persistance à l’échelle de la production laitière journalière ainsi qu’entre les traites biquotidiennes. Les intervalles entre traites, plus courts le jour et plus longs la nuit, peuvent influencer différemment la sécrétion du lait. L’hypothèse est que les productions de lait diurne et nocturne constituent deux phénotypes complémentaires permettant de mieux comprendre la persistance de la lactation au cours du temps.
• Télécharger l'offre de stage : 

Etude du déterminisme génétique de la mortalité des bovins en lien avec la température environnementale

UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GBoS

Responsables à contacter : Aurélie Vinet (e-mail), Hélène Leclerc (e-mail)

• Résumé : Le changement climatique s’accompagne d’une augmentation des températures moyennes mais aussi de l’augmentation de la fréquence des événements clima-tiques extrêmes tels que les vagues de chaleur. Dans les élevages bovins, ces phé-nomènes s’accompagnent d’une baisse de l’ensemble des performances de produc-tion, de reproduction ou de santé. Mais le plus gros risque pour les bovins en con-ditions de stress de chaleur est la mortalité qui intervient suite à une hyperthermie ou suite à la dégradation trop importante de certaines fonctions. La mortalité peut donc intervenir subitement pendant la vague de chaleur ou plusieurs jours après, même si les conditions environnementales ne sont plus contraignantes pour l’animal.
  Le stage proposé s'inscrit dans une démarche visant à identifier, au sein des races bovines françaises, les génotypes les plus adaptés au changement climatique. Par exemple, dans de précédentes études réalisées sur le cheptel laitier français, nous avons montré qu’il existe une variabilité génétique de la tolérance au stress de chaleur mesurée au travers l’évolution des performances de production, de repro-duction ou de santé des vaches laitières.
• Télécharger l'offre de stage :  GABI_Stage_M2_ThermotoleranceBovinsMortalite_GBoS_FR_2027.pdf  

Conception d’un programme pour agréger et visualiser des données de génomique fonctionnelle bovine  

UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipes GBOS, GIBBS

Responsables à contacter : Arnaud Boulling (e-mail), Mathieu Charles (e-mail), Pascal Croiseau (e-mail)

• Résumé : L’objectif du stage sera de développer un prototype informatique permettant de rassembler et de présenter, dans un même environnement, différentes informations utiles à l’interprétation de variants génétiques bovins.
  À partir d’une liste de variants ou de régions génomiques d’intérêt, l’outil pourra notamment:
  •    rechercher les gènes et les éléments fonctionnels situés à proximité ;
  •    interroger une sélection de ressources publiques d’annotation du génome bovin ;
  •    intégrer les résultats produits par certains outils de prédiction ;
  •    organiser les informations recueillies dans un format homogène ;
  •    proposer une visualisation simple et interactive des résultats.
• Télécharger l'offre de stage :  GABI_StageM2_Prog BioInfo.pdf  

Single-cell characterization of host-virus interactions using porcine edited organoids 

UMR 1313 GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative, équipe GeMS 

Responsables à contacter : Giorgia Egidy (e-mail), Elisabetta Giuffra (e-mail) 

• The aim of your project is to resolve the molecular mechanisms of the host response at single-cell level. The work builds directly on a pilot experiment carried out in the laboratory, which established infection kinetics and showed the optimal interval values of multiplicity of infection (MOI) required to obtain a fraction of infected cells compatible with robust single-cell analysis to allow the comparison of infected, bystander and uninfected cells within the same culture. A second arm of the project used organoids knocked out for ANPEP, the entry receptor of TGEV, generated in the laboratory by CRISPR/Cas9. These KO organoids serve as stringent specificity control and to test to which extent the transcriptional response of non-infected cells depends on productive infection of their neighbours.
• Télécharger l'offre :  GABI_M2 project ScRNAseq analysis GABI GeMS 2026-27.pdf